Complete Computer Simulation of a Bacterium Holds Hope for Medicine

Onderzoekers van Stanford en het J. Craig Venter Institute hebben onlangs het eerste complete computermodel van een organisme gemaakt. De simulatie modelleert het genoom en de levensprocessen van Mycoplasma genitalium, een toepasselijk genoemde bacterie die zijn thuis vindt in menselijke geslachtsorganen. De leider van het team, Markus W. Covert, hoopt dat soortgelijke simulaties uiteindelijk meer medische experimenten mogelijk zullen maken dan momenteel haalbaar is, en dat met snellere snelheden. Op een dag kunnen we wellicht laboratoriumratten volledig overslaan en nieuwe medicijnen rechtstreeks in een model van een kankercel invoeren.

De prestatie van het team was geen gemakkelijke opgave. Om M. genitalium, het op één na kleinste vrij levende organisme ter wereld, te simuleren, hadden de wetenschappers 128 computers nodig die bijna 10 uur in tandem werkten. Hun inspanning vertegenwoordigt mogelijk niet eens een bruikbaar model: Critici beweren al dat de simulatie veel te simplistisch is om als accuraat te worden beschouwd. Zelfs als het model accuraat blijkt te zijn, is er nog steeds het probleem van opschalen. Een ander relatief eenvoudig organisme, E. coli, heeft een verbluffende 4.288 genen vergeleken met de 525 van M. genitalium, terwijl mensen ongeveer 23.000 genen hebben.

Het leven, zelfs in zijn meest basale vorm, overtreft nog steeds ruimschoots ons vermogen om het te beschrijven. Dit heeft diepgaande implicaties, niet alleen voor de geneeskunde, maar ook voor veel voorspellingen van een biotechnologische toekomst. Het is moeilijk voor te stellen dat we de herinneringen van elke mens op aarde zouden modelleren tijdens een Singularity-achtige gebeurtenis als we daarvoor triljoenen computers nodig zouden hebben.

Via de New York Times en The Atlantic.